Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Viện Nghiên cứu Kinh thành được qui định tại Quyết định số 1656/QĐ-KHXH ngày 19 tháng 09 năm 2017 của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam như sau:
1. Vị trí và chức năng
a. Viện Nghiên cứu Kinh thành là tổ chức nghiên cứu khoa học trực thuộc Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam, có chức năng nghiên cứu cơ bản, chuyên sâu về kinh thành cổ Việt Nam; cung cấp luận cứ khoa học cho chiến lược qui hoạch, bảo tồn và phát huy giá trị di sản văn hoá dân tộc Việt Nam; tham gia đào tạo phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao trong lĩnh vực nghiên cứu kinh thành và bảo tàng, bảo tồn di sản kinh thành cổ Việt Nam.
b. Viện Nghiên cứu Kinh thành có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng; được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của Pháp luật.
c. Viện Nghiên cứu Kinh thành có trụ sở chính đặt tại thành phố Hà Nội; tên giao dịch quốc tế bằng tiếng Anh là: Institute of Imperial Citadel Studies, viết tắt là IICS.
2. Nhiệm vụ và quyền hạn
a) Trình Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam chiến lược, quy hoạch, kế hoạch 5 năm và hàng năm về phát triển của Viện Nghiên cứu Kinh thành và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.
b) Điều tra, khai quật, nghiên cứu khảo cổ học, lịch sử, văn hoá các di tích Kinh thành cổ và các di tích liên quan đến các vương triều trong lịch sử Việt Nam theo hướng chuyên sâu, liên ngành và trên các khía cạnh lớn như kiến trúc, nghệ thuật, tôn giáo, đời sống văn hóa, kinh tế, xã hội; làm rõ sự phát triển của các triều đại trong lịch sử dựng nước và giữ nước của dân tộc, minh chứng vị thế, vai trò của Việt Nam trong lịch sử khu vực Đông Nam Á và châu Á.
c) Ứng dụng các phương pháp khoa học tiên tiến trong việc nghiên cứu lịch sử Kinh thành, cập nhật và tiếp thu những thành tựu khoa học trên thế giới phục vụ cho việc nghiên cứu, đánh giá giá trị các di tích Kinh thành cổ ở Việt Nam.
d) Kết hợp nghiên cứu khoa học cơ bản với nghiên cứu bảo tồn, bảo tàng và nghiên cứu ứng dụng khoa học, công nghệ vào công tác bảo tồn, bảo tàng, trưng bày quảng bá giá trị di sản văn hóa dân tộc, nghiên cứu phục dựng di vật và hình thái kiến trúc cổ Việt Nam bằng công nghệ hiện đại.
e) Thực hiện công tác tư vấn, lập và thẩm định các chương trình, dự án về khai quật, chỉnh lý, nghiên cứu khảo cổ học và về qui hoạch bảo tồn, bảo tàng và phát huy giá trị di sản văn hóa dân tộc; tư vấn giám định niên đại, nguồn gốc các loại hình di vật khảo cổ học lịch sử.
f) Tham gia đào tạo phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao theo yêu cầu của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam và các tổ chức khác ở trong và ngoài nước.
g) Tổ chức hợp tác quốc tế trong nghiên cứu và đào tạo, trao đổi kinh nghiệm về các lĩnh vực khảo cổ học, lịch sử Kinh thành, lĩnh vực bảo quản, bảo tồn, bảo tàng và kỹ năng nghiệp vụ chuyên môn trong khuôn khổ của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam. h) Quản lý về tổ chức, bộ máy, vị trí việc làm, cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp và số người làm việc trong đơn vị; Tài sản và kinh phí của Viện Nghiên cứu Kinh thành theo quy định của Nhà nước và theo sự phân cấp quản lý của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam.
i) Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam.