Từ khi được thành lập, Viện Nghiên cứu Kinh thành đã luôn nỗ lực phấn đấu hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ của Dự án "Chỉnh lý, nghiên cứu, đánh giá giá trị và lập hồ sơ khoa học khu di tích Hoàng thành Thăng Long" theo kế hoạch, lộ trình hàng năm và tổ chức thực hiện thành công Dự án "Trưng bày di tích, di vật dưới tầng hầm Nhà Quốc hội".
Những kết quả và thành tích nổi bật trong tổ chức thực hiện các nhiệm vụ lớn, quan trọng về khoa học và chính trị như Dự án "Chỉnh lý, nghiên cứu đánh giá giá trị khu di tích Hoàng thành Thăng Long" - Nhiệm vụ trọng điểm cấp Bộ, Dự án "Trưng bày di tích, di vật dưới tầng hầm Nhà Quốc hội" - Nhiệm vụ đặc biệt cấp Nhà nước, đã ngày càng khẳng định rõ về quyết định đúng đắn của Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam trong việc thành lập Trung tâm Nghiên cứu Kinh thành (nay là Viện Nghiên cứu Kinh thành) cũng như vai trò và những đóng góp quan trọng của Viện Nghiên cứu Kinh thành trong nghiên cứu khoa học (khảo cổ học đô thị) và trong công tác triển khai ứng dụng khoa học vào thực tiễn.