Các nhà khoa kết luận ban đầu: chùa Am Các hình thành vào thời Trần, thế kỷ XIV, phát triển mạnh thời Lê Trung hưng, thế kỷ XVIII, là trung tâm tôn giáo, tín ngưỡng lớn của tỉnh Thanh Hóa.
Theo kết quả nghiên cứu, khảo sát bước đầu và những di vật còn lại cho thấy chùa Am Các là một quần thể di tích có thể được hình thành từ rất sớm, gắn liền với quá trình hình thành quốc gia Đại Việt tự chủ và sự phát triển của Phật giáo từ thế kỷ X. Đây là một quần thể di tích danh thắng với nhiều yếu tố hợp lại mà không phải nơi nào cũng có được. Tuy nhiên, trải qua sự biến thiên của lịch sử, chùa Am Các đã bị phá hủy hoàn toàn.Trong khi đó, hiện nay chưa tìm được tư liệu thành văn khẳng định một cách chắc chắn lịch sử xây dựng của ngôi chùa này. Những di vật phát hiện được qua khai quật khảo cổ học ở chùa Am Các sẽ góp phần xác định niên đại và giá trị lịch sử - văn hóa của di tích; đồng thời là cơ sở đề xuất giải pháp bảo tồn, tôn tạo, phát huy giá trị di tích chùa Am Các trong phát triển kinh tế - xã hội tỉnh Thanh Hóa.
Trong thời gian từ tháng 7 đến tháng 9 năm 2018, các chuyên gia của Viện nghiên cứu Kinh Thành đã khai quật trong diện tích trên 500m2 của 4 hố khai quật và 2 hố thám sát tại 4 địa điểm: Tảng/phiến đá khắc hình tượng Phật, chùa Hạ, khu lò nung gạch ngói và chùa Trung, đã phát hiện được 7 di tích kiến trúc và 3 lò nung gạch ngói. Trong đó các di tích kiến trúc thuộc 3 loại hình: Kè đá và bậc tam cấp đi lên chùa Hạ; bó nền kiến trúc và mặt bằng kiến trúc. Lò nung gạch thuộc loại lò cóc; lò nung ngói thuộc loại hình chữ nhật và bầu dục. Về di vật, có số lượng nhiều nhất trong các hố khai quật và thám sát là vật liệu xây dựng và trang trí kiến trúc…
Các nhà khoa kết luận ban đầu: chùa Am Các hình thành vào thời Trần, thế kỷ XIV, phát triển mạnh thời Lê Trung hưng, thế kỷ XVIII, là trung tâm tôn giáo, tín ngưỡng lớn của tỉnh Thanh Hóa.
Theo các nhà khảo cổ học, cơ quan chức năng cần tiếp tục khai quật khảo cổ học, nghiên cứu sâu rộng hơn chùa Am Các và vùng phụ cận, bổ sung hồ sơ đề nghị công nhận di tích lịch sử, danh lam, thắng cảnh cấp quốc gia. Kết quả khai quật sẽ là cơ sở quan trọng để bảo tồn, phục dựng lại không gian văn hóa tâm linh, sưu tầm hiện vật phục vụ trưng bày Bảo tàng, đồng thời góp phần tuyên truyền quảng bá giá trị văn hóa cũng như việc giáo dục nhân dân địa phương trong việc quản lý, bảo tồn, giữ gìn và phát huy giá trị truyền thống của chùa Am Các.