Dự án "Chỉnh lý, nghiên cứu, đánh giá giá trị và lập hồ sơ khoa học khu di tích Hoàng thành Thăng Long" (gọi tắt là Dự án Chỉnh lý) là dự án lớn, thuộc nhiệm vụ trọng điểm cấp Bộ.
Đây là dự án có ý nghĩa chính trị, xã hội và khoa học rất sâu sắc, bởi kết quả nghiên cứu của Dự án có tầm quan trọng đặc biệt trong việc làm rõ giá trị lịch sử, văn hoá của khu di tích Hoàng thành Thăng Long sau khi kết thúc khai quật. Kết quả nghiên cứu của Dự án không những đáp ứng yêu cầu lập Hồ sơ khai quật theo qui định mà còn cung cấp những cơ sở khoa học tin cậy cho việc qui hoạch bảo tồn và phát huy giá trị lâu dài của khu di tích, góp phần quảng bá giá trị lịch sử, văn hóa truyền thống, khơi dậy niềm tự hào lịch sử ngàn năm văn hiến của Thủ đô Hà Nội.
Mặc dù Dự án đang trong lộ trình triển khai, nhưng trong 09 năm qua, Viện Nghiên cứu Kinh thành đã có nhiều đóng góp quan trọng trong việc nghiên cứu bảo tồn di tích, bảo quản di vật, nghiên cứu đánh giá giá trị di tích, di vật của khu di tích Hoàng thành Thăng Long thể hiện rõ trên một số vấn đề chính yếu sau:
- Thứ nhất, nghiên cứu, đánh giá về địa chất, môi trường tự nhiên và con người tác động lên di tích và tình trạng bảo tồn khu di tích Hoàng thành Thăng Long, cung cấp những luận cứ khoa học cho công tác bảo tồn, phát huy giá trị khu di tích.
- Thứ hai, tái điều tra, khai quật, nghiên cứu phân định mặt bằng, niên đại và thu thập hệ thống cơ sở dữ liệu (ảnh, bản vẽ, phiếu di tích) các loại hình di tích ở khu A-B và C-D, phục vụ hiệu quả cho công tác nghiên cứu so sánh, đánh giá giá trị và lập hồ sơ khoa học về khu di tích Hoàng thành Thăng Long trong những năm tiếp theo.
- Thứ ba, nghiên cứu, phân loại chỉnh lý cơ bản các loại hình di vật khảo cổ học của khu di tích Hoàng thành Thăng Long, tiến hành sắp xếp hệ thống và tạo cơ sở khoa học cho công tác phân loại chỉnh lý chi tiết trong những năm tiếp theo, đồng thời phục vụ hiệu quả cho công tác nghiên cứu so sánh, hệ thống hóa tư liệu và tiến tới lập hệ thống hồ sơ khoa học về các loại hình di vật của khu di tích với khối lượng công việc rất lớn.
- Thứ tư, nghiên cứu thành công về phương pháp và qui trình phân loại chỉnh lý và xây dựng hồ sơ khoa học trong khảo cổ học đô thị, góp phần quan trọng trong việc định hướng nghiên cứu, trong việc đào tạo phương pháp, kỹ năng nghiên cứu, tiến tới việc qui chuẩn hóa trong nghiên cứu, phân loại, chỉnh lý và lập hồ sơ khoa học của ngành khảo cổ học.
- Thứ năm, tổ chức thành công nhiều cuộc điều tra, khai quật khảo cổ học ở các địa phương như Nghệ An, Bình Định, Hải Dương, Bắc Ninh, Thái Bình, Nam Định, Quảng Ninh, Yên Bái... thu thập được nhiều tư liệu khoa học mới, góp phần quan trọng trong việc nghiên cứu so sánh, đánh giá giá trị về di tích, di vật của khu di tích Hoàng thành Thăng Long, đồng thời kết hợp chặt chẽ với công tác đào tạo, nâng cao trình độ, kỹ năng, phương pháp và tư duy nghiên cứu khoa học của cán bộ Trung tâm và địa phương.
- Thứ sáu, có nhiều công trình nghiên cứu chuyên sâu đánh giá giá trị về các loại hình kiến trúc thời Lý và di vật thời Lý và thời Lê sơ, góp phần tuyên truyền, quảng bá giá trị của di sản Hoàng thành Thăng Long.
Đặc biệt, dựa trên kết quả nghiên cứu so sánh và chương trình nghiên cứu về mô hình kiến trúc Việt Nam hợp tác với Viện Nghiên cứu bảo tồn di sản văn hóa Tokyo - Nhật Bản, năm 2014-2015, Trung tâm đã thực hiện thành công việc nghiên cứu phục dựng giả định về hình thái kiến trúc cung điện thời Lý. Đây là chương trình nghiên cứu đầu tiên ở Việt Nam và cũng là lần đầu tiên Trung tâm đưa ra hệ thống các dữ liệu và bản vẽ về hình thái kiến trúc thời Lý. Kết quả nghiên cứu này đã góp phần quan trọng cho công tác nghiên cứu khoa học về kiến trúc cổ Việt Nam vốn đang còn nhiều khoảng trống, đồng thời góp phần hiệu quả cho công tác trưng bày, quảng bá về vẻ đẹp độc đáo, sắc thái riêng biệt của kiến trúc cung điện Việt Nam trong Hoàng cung Thăng Long thời Lý.